X-Ray kristalografi yaklaşın kırk sene önce oluşturulan ve proteinlerin 3Boyutlu yapısını gösteren en güçlü methottur. Buradaki "X" X ışınını temsil etmektedir. Proteinler arasındaki boşluk çok küçük olduğundan bu boşluklardan geçip görüntü oluşturacak ışınında çok küçük dalga boylu olması gerekir. Bu sebeple X ışını kullanılmaktadır. Çünkü X ışınının dalga boyu 10 ila 0.01 nanometre arasındadır. Buda yaklaşık olarak 10-9(on üzeri eksi dokuz) ile 10-11(on üzeri eksi 11) cm arasındadır.
