1806 Edirne Vakasına sebep olan Nizâm-ı Cedid aleyhtarlığıyla başlayan muhâlefet, âsilerden Kabakçı Mustafa;nın liderliğinde büyük hâdiselere sebep oldu. Yeniçeri zorbaları, 25 Mayıs 1807 Kabakçı Vakasından sonra; asıl niyetlerini ortaya koyarak, 29 Mayısta Sultan Üçüncü Selim Hanı hâl edip, tahttan indirdiler. Âsiler, Sultan Selim Hanın amcasının oğlu Veliaht Mustafa;yı Osmanlı tahtına geçirdiler. Sultan Selim Han, on dört ay Topkapı Sarayında nezâret altında yaşadı. Kendisine sâdık devlet adamları ve âsilerin hükümetteki icraatlarını beğenmeyen taraftarları, tekrar tahta geçirmek için faaliyet gösterdiler. Sultan Selim Han taraftarları, Rusçuk;taki Alemdar Mustafa Paşa etrafında toplanıp, harekete geçtiler. Alemdar Mustafa Paşa, Sultan Selim Hanı tekrar tahta geçirmek için Rumeli;deki maiyetiyle istanbul;a geldi. 28 temmuz 1807;de Bâbıâli ve Topkapı Sarayını basıp, Sultan Selim Hanı tahta geçirmek istediyse de muvaffak olamadı. Sultan Selim Han, 28 Temmuz 1808 târihinde Harem Dairesinde şehit edildi. 29 Temmuzda kalabalık bir cenâze merâsimiyle, Lâleli Câmii yanında babası Üçüncü Mustafa Hanın türbesine defnedildi.
Sultan Selim Han, yaratılışında halim, selîm ve çok zekîydi. Hayırsever olup, pekçok hayır müessesesi ve eserler yaptırdı. Üsküdar;da Selimiye Câmiini ve Çiçekçi Câmiini yaptı. Eyüp Câmiini büyüterek yeniden yaptırdı. Karaca Ahmed;de Miskinler Tekkesi denilen Dedeler Mescidini yaptırıp, Küçükmustafapaşa ;da Gül Câmiini kiliseden çevirdi. Üsküdar;da hâlâ kullanılan meşhur Selimiye Kışlası nı, Heybeliada;da Deniz Harp Okulu olan Bahriye Mektebini, Halıcıoğlu;nda Teknik Üniversite mâhiyetindeki Mühendis ve Topçu mekteplerini yaptırıp yeni bölükler kurdu. Saltanatı müddetince içte ve dışta büyük düşmanlarla mücâdele etmesine rağmen, ülke îmâr edilip, fazla toprak kaybı olmadı. Tam ıslâhata başlayacağı zaman şehit edilmesi, düşündüğü büyük hizmetlerin yerine getirilmesine mâni oldu.
