19 Kasım 2002 tarihinde Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanlığına seçildi. 22 Temmuz Genel Seçimleri'nin ardından yapılan Meclis Başkanlığı seçimlerine aday olmadı. Cumhurbaşkanlığı seçimleri öncesi cumhurbaşkanlığı için adı geçen Arınç 24 Nisan 2007 günü aday olmayacağını açıkladı.1 Mayıs 2009 günü yapılan kabine revizyonunda kabineye girmiştir. 61. Türkiye Cumhuriyeti Hükûmeti'nde Başbakan yardımcılığı ve hükümet sözcülüğü görevini üstlenmiştir
