Çindeki baskıcı yönetimden kaçan bir takım rahip/komuntanların Japonya dağlarına sığınarak oralarda geliştirdikleri savaş sanatlarıyla kendilerini harmanlamalarıdır. Daha sonra bu sistemi japonyada benimseyen iki sülale vardırki, ninja sanatı olan olan ninjutsu stilinin günümüze kadar gelmesine vesile olmuşlardır. Bunlar Subagakureden iga ve manjidani'den kouga sülaleleridir. Ortadoğunun en güçlü ninja ekolü ise hasan sabbah'ın öğrencileri haşhaşilerdir.
Türkiyenin en büyük ninjası ise hiç şüphesiz ki ercan şarbat şidoşidir.
