Mehmet Çelebi döneminde Anadolu'da meydana gelen olaylardan biri de Şeyh Bedrettin isyanı'dır. Şeyh Bedrettin, Fetret Devrinin getirdiği karışıklıklardan faydalanarak kendi düşüncelerini yaymaya başladı. Şeyh Bedrettin'in düşünceleri Osmanlı Devleti'ndeki islam anlayışına tersti. Müritlerinin izmir ve Manisa'da çıkardığı ayaklanmalar bastırıldı. Daha sonra Rumeli'ye geçerek başlattığı ayaklanma da bastırıldı. Şeyh Bedrettin yakalandı ve yargılandıktan sonra idam edildi(1420).
