Sultan ibrahim'in oğludur. Annesi Hatice Muazzez Sultan'dır. 1643'te Edirne'de dünyaya geldi. iyi bir tahsil gördü. Arapça ve Farsça'yı mükemmel bir şekilde öğrendi. Kardeşi II. Süleyman'ın dört yıllık saltanatı sırasında sarayda kafes hayatı yaşadı. 21 Haziran 1691'de tahta çıktığı zaman 48 yaşındaydı.
tahta çıktıktan sonra ilk olarak; Avusturya üzerine giden Sadrazam Fazıl Mustafa Paşa'ya ferman göndererek sadaretinin ve seferin devamını diledi. Fazıl Mustafa Paşa, 20 Temmuz'da Belgrad'a ulaşan Osmanlı ordusunu, Kırım kuvvetlerinin gelmesini beklemeden ve harp meclisinin kararına aykırı olarak Petervaradin önlerinde bulunan Avusturya ordusu üzerine sürdü. Tisa Suyunun Tuna'ya karıştığı Salankamen mevkiinde, şiddetli geçen harbin ilk anlarında Osmanlı ordusu üstün durumda iken serdarın vurularak şehit düşmesi üzerine, vaziyet Osmanlılar aleyhine döndü. Böylece Salankamen savaşı kaybedildi. Bu savaşta tarihçilerin; alim, dindar, alicenap, vakur ve adil bir kimse olarak vasıflandırdıkları, iyi bir devlet adamı ve komutan olan Fazıl Mustafa Paşa'nın şehit düşmesi, Osmanlılar için en büyük kayıp olmuştur.
Salankamen hezimetinden sonra, Lipva ve Varat kaleleri Avusturyalılar tarafından işgal olundu. Durumu müsait gören Leh kuvvetleri Kamaniçe Kalesini muhasara edip, isakçı Kalesi civarına kadar geldiler. Ancak Kamaniçe serdarı Kahraman Paşa tarafından bozguna uğratıldılar. Venedikli vali Morosunu Girit'e asker çıkarıp, Hanya kalesini muhasara etti ise de ismail Paşa'nın kahramanca müdafaası sayesinde adadan ayrılmak zorunda kaldı.
1693 yılında Avusturyalılar, Erdel üzerinden Eflak ve Boğdan'a tekrar taarruza başladılar. Yanova'yı işgal eden düşman kuvvetleri, Belgrad'ı muhasara ettiler. Ancak Sadrazam Bozoklu Mustafa Paşa süratle gelerek Yanova'yı aldı ve Belgrad'ı muhasaradan kurtardı. Osmanlı Ordusunun kısmi başarılarına rağmen Avusturyalıların taarruzları bitmek bilmiyordu. Osmanlıların toparlanmasına fırsat vermek istemeyen Venedikliler de devamlı saldırı halinde idiler. Nitekim serdar-ı ekremin Varadin muhasarasında olduğu bir sırada Malta, Floransa ve Papalık filolarından müteşekkil bir Venedik donanması Sakız Adası'nı işgal etti. Bu haber Sultanı çok müteessir etti. Padişah, bu üzüntüsünü vezir-i azam Sürmeli Ali Paşa'ya gönderdiği hatt-ı hümayunda "Madem ki Sakız düşman elindedir, bütün Engürüs (Macaristan) memleketini fethetsen makbulüm değildir." diyerek bildirdi. Ayrıca sadrazam Edirne'ye gelince; "Eğer bu kış Sakız geri alınmazsa, bütün reisleri katlederim." diyerek emrini bildirdi.
Bu emir üzerine 1695 yılı ilk günlerinde istanbul'dan hareket eden Osmanlı donanması kalyonlar kaptanı Mezomorto Hüseyin Paşa'nın büyük kahramanlığı sayesinde Sakız boğazındaki Koyun adaları mevkiinde Venedik donanmasına büyük zayiat verdirdi. Venedikli amiral, gemisiyle birlikte sulara gömüldü. Koyun adaları zaferinden sonra, Türk donanması Sakız'a asker çıkarıp adayı kolayca ele geçirdi. Ancak Sultan II. Ahmet Han Sakız'ın fetih haberini alamadan elli iki yaşında Edirne'de hayata gözlerini yumdu.
