2006-2007 yılında küme düşmesi sonucu borçlarınında etkisiyle amatör kümeye düşen Malatya spor sporda etkisiz kalmamak için Malatya Belediye Sporun geliştirilip Spor Toto 2. lig beyaz guruptaki iddaalı takımlarından biridir. En yakın başarıları 2011 yılında kendi evinde Fenerbahçeyi 2-1 yenmesi ve küme çıkma playoff larında bulunması.
