Azerbaycan 15. yüzyıla Arap kökenli Şirvanşahların yönetimi altında girdi. Aynı dönemde Azerbaycan ve Ermenistan toprakları Türk kökenli Akkoyunlular tarafından yönetilmekteydi. Her iki hanedan da aynen Osmanlı Hanedanı gibi Sünni mezhebindendi. Ancak Akkoyunlu hükümdarı Uzun Hasan'ın 1478 yılındaki ölümünden sonra Azerbaycan'da gene Türk kökenli olan ancak Şii mezhebine üye Safevi Hanedanı güç kazanmaya başladılar. 1501 yılında Akkoyunlular Safeviler tarafından büyük bir yenilgiye uğratıldı. Aynı yılda Safeviler Tebriz'i ele geçirerek kendilerine başken yaptılar ve Bakü'yü talan ettiler.
Safeviler 16. yüzyılın başlarında bölgeye tamamen egemen olmuşlardı. 1508 yılında Akkoyunlular tamamen yıkıldı. Şirvanşahlar Safevilerin egemenliği altında bir süre daha Azerbaycan topraklarını yönetmeye devam ettiler. Ancak 1538 yılında ı. Tahmasp Şirvanşahlara son verdi. 1540 yılında Bakü tekrar Safevi ordusu tarafından işgal edildi. Safeviler Azerbaycan'daki Sünni halkı Şiiliğe zorladılar. Zamanla bölge halkı mezhep değiştirerek Şiiliğe geçti.
