Mevcut iktidar ise geldiğinden beri tümüyle bağımsız kurumlara olduğu gibi ihale Kurumu'na da soğuk baktı ve " milli iradeye bir tehdit " olarak gördü. Duble yol projesi ve çok sayıda yeni müteahhide iş verme niyeti, bu iktidarın geldiğinden bu yana ihale yasasında değişiklik yapmasına neden oldu. AB'nin raporlarına rağmen, yaklaşık 20 değişiklik yapıldı. Yapılan değişikliklerle ihale yasası dışına çıkarılan istisnalar artırıldı, Kurumun inceleme yetkisi daraltıldı. Başlangıçta gazete haberlerini dahi ihbar kabul edip inceleme yapabilen Kurum, sadece kendisine şikayet edilen konuları incelemekle sınırlandırıldı. O da yetmedi, şikayet ücretleri artırıldı, ihalelere itiraz etmek zorlaştırıldı.
Tüm bağımsız kurumların başına gelen KiK'in de başına geldi; tayin edilemeyen işine son verilemeyen tecrübeli kişileri tasfiye etmek için kanun hükmünde kararname çıkarıldı. Kurumun Başkan yardımcıları, baş hukuk danışmanı ve daire başkanları görev süreleri bitmeden görevden alınırken, TOBB ve TiSK'in kurula üye verme hakkı da ortadan kaldırıldı.
