Makoto Kobayashi (d. 7 Nisan 1944, Nagoya), Japon fizikçi. 2008 Nobel Fizik Ödülü'nü "doğada üç farklı kuark ailesinin varlğını ortaya çıkaran kendiliğinden simetri kırılmasını keşfettiği" için aldı.
Parçacık fiziği alanında çalışmaları vardır. CP ihlali üzerine yaptığı çalışmalarıyla bilinir. 1972'de Nagoya Üniversitesi'nde doktorasını bitirdi. Bu tarihten sonra çeşitli üniversitelerde görev yaptı.
