iki kez yağmalanmaya sahne olan cağnım kütüphane. bunlardan ilki hypatia döneminde olur. ki bu dönem aşırı sağcı bir hristiyanlık anlayışının yükseldiği, büyük roma imparatorluğunun son yıllarıdır. zaten kütüphane yakıldıktan bir kaç yıl içinde roma ikiye bölünür.
roma imparatoru i. theodosius hristiyanlığı benimsemiş tahtını garantiye almak için kütüphanenin yakılış ve yağmalanmasında sakınca görmemişti. bir nevi bana dokunmayan yılan bin yaşasıncılık. iskenderiye'deki hamam kazanlarının 6 ay boyunca buradaki önemli el yazmaları ve bilimsel kitapları yakıp taşları ısıttığı bilinir.
geriye içi boşaltılan kütüphaneden pek eser kalmamıştır. hz.ömer döneminde ise tekrar yağmalanıp yakıldığı bilinir. işin işgal boyutunu bir kenara bırakırsak. kütüphaneyi büyük iskender kurdurmamıştır. iskenderin ölümünden sonra helenistik dönem yıkılmaya başlayınca komutanlarından lagus'un oğlu ptolemaios i soter, iskenderiye'nin yönetimini ele alır. burada kendi krallığını ilan eder. savaştan pek hazetmediği için ülkenin ticaret ve bilimsel yönden gelişmesine büyük katkılarda bulunur. sonrasında şehir roma'nın idaresi altına girer. sezar'ın kuşatmasında sadece bir bölümü zarar görmüştür. buna yakma diyemeyiz.