Şehir, Ağustos 1628'de bir Rus sınırına kale olarak kurulmuştur. Bu kale Krasny Yar tarafından inşa edilen yerin yerel Türk ismi Kyzyl Yar yani Kırmızı Ore veya Eski Rusça Krasny Yar'dır. Adı Krasnoyarsk, çağrısı Krasny Yar köyünün şehir statüsünü aldığı için verildi.
1741'de yoğun bir gelişme gösterdi ve 1895 demiryolu hattının gelmesiyle de devam etti.1749 yılında Krasnoyarsk'ın güneyinde 700 kg ağırlığında bir göktaşı bulundu eski bir göktaşı olduğu için önemliydi. 1742'de Krasnoyarsk'ta üretim tesisleri ve demiryolu atölyeleri kuruldu.
Rus Devrimi'nden sonra Krasnoyarsk'ta kâğıt ve hidroelektrik santralleri (Yenisey) kuruldu. 1934'te ikinci büyük Rus idari merkezi oldu. Bu dönemde kurulan fabrikalarla önemli bir sanayi merkezi oldu.
1970 Sovyetler Birliği'nde Krasnoyarsk'a radar istasyonu kuruldu. 1992'de de Rusya Federasyonu'na girdi.
